入力セクション，H, W がともに縦の長さと書かれています．

Wが横の長さです。修正しました。

「Siのj文字目は、左上のタイルを(1,1)とした座標(i,j)における、タイルの色を表す。 '#'が黒いタイル、'.'が白いタイルを表す。」ですが、座標(j,i)ではありませんか？

(j,i)の間違いです。修正しました。

H+3行目からN(N=H*W⁄4)行目には、与えられるピースの模様の種類Pi(1≤Pi≤16)が与えられる。模様の種類は以下の16種類である。

N 行目じゃなくて N 行だとおもいます

修正しました。

入力において B が正の場合と負の場合の B の値の意味が書かれていますが 0 の場合が書かれていません．

正しくは、「正の場合」→「非負の場合」です。修正しました。

こたえが複数ある場合どれを出力してもいいですか?

はい、どれを出力しても構いません。　問題文に追記しました。

A問題をcatで提出するとWAとなります

原因の調査中です。後程リジャッジを行いますので、少々お待ちください。

追記：
リジャッジを行いました。

E問題の満点は、トップページだと150点になっていますが、
問題分だと200点になっています

「
部分点
H,W≤4 の入力に正解すると、200 点満点に対して部分点として 30 点が与えられる
H,W≤8 の入力に正解すると、200 点満点に対して部分点として追加で 50 点が与えられる
」

150が正しいです。修正しました。