入出力例が正しいように見えない
(最後のケースで(i,j)=(4,1)について1<4より b[4,1]=a[4,1]となり一番上のキャンディは変わらないように思える)
のですが解釈が間違っているのでしょうか

テストケースに謝りが認められました。修正致します。

正しそうな盤面を出力しているのですが、WAになります。

'C'は大文字なので注意してください。問題文にも追記します。

辺の重みに0は含まれますか

はい、含まれます。

頂点iから頂点iの最短経路は0ですか？

はい、そうです。

侵入者が
.X
X.
のような盤面を左上(.)から右下(.)に移動する過程で右上や左下のマスを通過する(鎖頭に攻撃される)ことがありますか

マスに侵入した時に限り攻撃されるので、通過可能です。（出力例2参照)

考える有向グラフは重み付きですか

はい、そうです。

AB, BC, CA はそれぞれ点の間の距離ですか

そうです。

問題文がこわれてます

修正しました。ご迷惑をおかけしました。