例えば
t1 t2 t3 ... t d
のような出力をすると0点ですか？

WAとなる可能性があります。

テストケース1個でもTLEしたらA問題全体として0点になりますか？　それともTLEしなかったテストケースの点数の合計点となりますか？

A問題全体で0点となります。

0点は順位表ではWAと扱われますか？

はい

ペナルティや回答提出時刻は順位に影響しますか？

ペナルティはありません。
提出時刻は複数参加者が同じスコアを得た場合に順位に影響します。

順位は3問の問題でそれぞれ得た得点の和で決められますか？

はい

this contest is rated??

No

「今後AtCoderで、これまでと異なるレーティングが実装される予定である、ヒューリスティック型のコンテスト」とのことですが、今回は（異なるものも含め）レーティングはされない、という解釈で問題ないでしょうか？

このコンテストはunratedです。
また、今後レーティングが導入されたとしても、このコンテストの順位がその計算に用いられることはありません。

"提出の間隔は5分以上空ける必要があります。"とありますが, これはコンテストに対する制約ですか? それとも各問題に対する制約ですか?
(例えばA問題に提出した3分後にB問題に提出することは許されますか?)

問題ごとの制約です。
A問題に提出した直後にB問題に提出できます。