スタックオーバーフローした場合はMLEになりますか?REになりますか?

今回のコンテストではMLEになるようです。
(スタックサイズ制限の設定によっては、違う結果になるかもしれません。IJPCでは、スタックサイズ自体に制限はなく、メモリ制限一杯使える設定です。)

入力サンプルにR=...と辺の情報が与えられていますが、
E=...ではないでしょうか。

プロシージャの通り、 E=… が正しいです。問題文の修正をしました。

ルールに時間の影響がないとされていましたが、順位表では提出時間が影響されています

AtCoderの仕様により現在はそうなっております。コンテスト後に修正する予定ですので、今のところは提出時間は見て見ぬふりでお願いします。

問題文のSample Outputでは、

answer(1, 3, 10)
answer(2, 3, 3)
answer(3, 0, 0)

というようにanswer()を呼び出していますが、
silver.zipに内包されているgrader.except.1は

3 9
3 3
0 0

というふうになっています。
どちらが正しいSample Outputですか？

一行目が「3 9」となっているほうが正しいです。

問題文を修正しました。

作業用ファイルにあるanimals.cppやanimals.hのint query(int v)はint destruct(int v)ではないですか

int query(int v) が正しいプロシージャ名です。問題文を修正しました。

http://ijpc2012-1.contest.atcoder.jp/assignments#
http://ijpc2012-1.contest.atcoder.jp/tasks/ijpc_silver#

この2つに載っている制限時間がそれぞれ1sと2sで異なるのですが、どちらが正しいのでしょうか。

1sが正しいです。問題文の修正をしました。

むこのどうぶつたち、の「むこ」の意味を教えてください

むこ【無辜】…罪のないこと。また、その人。