「ソースコードの提出に失敗しました　999」のようなものが表示されるのですが、「999」などというものは残り秒数ですか？

はい。提出までの残り秒数です。

トップページに
「CEの提出を除いて5分に1回しか提出できません。」
とあるのですが、これは適用されていますか？

動いてなかったので動くようにしました。

出力例1の右から3列目なんですが、落下後の図は下から数えて×☆×なんですが、落下前は×○+に見えるんですけど、あってますか？

間違っていたので入力例の方を修正しました。ごめんなさい！

提出エラーが出ます！

５分制限を直してます。ごめんなさい＞＜

複数の解答を提出しているとき、参加者の得点は各解答の得点の最大値ですか? 最後に提出されたものとかですか?

得点の最大値です。

o ブロックや x ブロックを + ブロックや - ブロックに書き換えた，あるいは . ブロックを + ブロックや - ブロックに書き換えた出力の扱いはどのようになりますか？

.ブロックは+や-に書き換え可能ですが、それ以外はWAとなります。

図示されているサンプルの点数は何点ですか？

計算してません！

順位表に用いられる特典はどのように計算されますか（各ケースにおける最大連結数の和を合計したものですか）

はい、その通りです。

テストケースはランダムに生成とありますが、事前にランダムで生成した固定テストケースと思って良いですか？
それとも毎回ランダムで生成していますか？

固定ケースです。