Nの制約が小さいため、繰り返し文を使って処理することを考えます。

普段私たちが支払いをするときのことを想像してみましょう。あなたは1000円札しか持っていませんでした。このとき、

• 自分が払った金額が払うべき金額以上になるまで、1000円札を出す。
• 自分が払った金額が払うべき金額以上になったら、(自分が払った金額) - (払うべき金額) のお釣りが発生する。

のように手順が進むはずです。これをそのままコードになおしてみましょう。

N = int(input())
#自分が払った金額
now = 0
#自分が払った金額が払うべき金額以上になるまで
#つまり、自分が払った金額が払うべき金額未満である間
while now < N:
  now += 1000
#おつりが発生する
#おつり = 払った金額 - 払うべき金額
ans = now - N
#答えを出力する
print(ans)

提出コード（Python）