E問題の入力データでは、数列の長さが300000で各要素が0以上3以下であるものすべてが条件を満たすのですか？それとも、入力データについてのところの乱数生成みたいなコードの出力のどれかになってなければならないのですか？

すべてが条件を満たします．

生成プログラムのソースコードが提示されているのは，「実際に E 問題で使われる入力」の生成方法を明らかにするためであり，「E問題の入力に課される条件」ではないので，気にする必要はありません．

J のジャッジがおかしくないですか？

J のジャッジが間違っていました．修正作業を行いリジャッジを順次かけていきます．申し訳ありません．