あなたの目標は、次の 
2 つの条件を満たすように石を配置することです。

全ての石は連続した 
1 つの塊になっている。すなわち、ある整数 
n が存在して、
n≤x≤n+NM−1 を満たすすべての整数 
x に対して、座標 
x に石がちょうど 
1 個置かれている。
さらに、石は色の昇順にソートされている。すなわち、色 
i の石のうち左から 
j 番目のもの 
(1≤i≤M, 1≤j≤N) は座標 
n+(i−1)×M+(j−1) にある。

この最後の文のn+(i−1)×M+(j−1) はn+(i−1)×N+(j−1) ですか？

間違っていましたので、修正をしました。

sampleのジャッジが何を提出してもACになっていそうです。
https://atcoder.jp/contests/ttpc2024_2/submissions/60798582

サンプルケースが Sample に含まれていなかったため、Sample が常に AC 扱いになっていました。現在は修正されています。この修正に伴うリジャッジは行われません。

入出力例1の説明にあるA=(1),B=(0)はA=(0),B=(1)の誤りですか？

間違っていましたので、修正をしました。

「点 1,2,…,N を この順にすべて 訪れなければなりません。」とは、訪問した点列の部分列として(点1, 点2, ..., 点N)を含むようにしなければならないということですか？点iを初めて訪問する前に点j (j>i)を踏むことは禁止されますか？

訪問した点列の部分列として (点1, 点2, ..., 点N) を含むようにしなければならないということです。点 i を初めて訪問する前に点 j (j > i)を踏むことは禁止されません。