「100点までの部分点においてMが0となることはない」は正しいですか？

はい、正しいです。

変な質問（凹凸が噛み合ってないなど）をしても WA にはなりませんか？

凹凸が噛み合ってない、に関してはWAにはなりません。

ある辺に対して「くっつく」辺は１通りですか？

はい。

ピースを回転させても良いですか

はい。ただし裏返すことは禁止されています。

出力例2に関して：
「赤1と青1をつなぐ折れ線を作るには

（赤1 - 青1）
（赤1 - 黒3 - 青1）
（赤2 - 黒3 - 黒1 - 青1）
と 3 通りの方法があります。」
とありますが、3つめの方法は「（赤1 - 黒3 - 黒1 - 青1）」ではないですか。

ミスです。修正しました。