空文字列を \(2\) つ用意し、\(S\) の先頭の文字から順番に見ていき大文字から一方へ、小文字ならもう一方へ連結する操作を繰り返すと求める \(2\) つの文字列を得ることができます。

実装例(Python3)

s = input()
ans1 = ""
ans2 = ""
for c in s:
    if c.isupper():
        ans1 += c
    else:
        ans2 += c
print(ans1)
print(ans2)