多くのケースにおいて入力フォーマットがおかしくないですか？（ちゃんと特定できてないですが、A_i が改行区切りで入力されているケースがたくさんありそうです）

修正しました．A_iは改行区切りで与えられます．

改めてリジャッジが完了しました。
重ね重ね申し訳ありません。

破損ケースを削除してリジャッジを行いました。ご迷惑をおかけし申し訳ありません。

現在テストケースの破損が継続しています。再度リジャッジが行われます。
ご迷惑をおかけし申し訳ありません。

1ケース10^15より超えていませんか？

10^15を超えているケースが1つ見つかりました。修正ののちリジャッジが行われます。ご迷惑をおかけして申し訳ございません。

Xは非負ですか？

はい．

木の実を置くのは、「リスが選びうるすべてのパスを考えた時に、休憩する場所すべて」ですか？
それとも、「リスが選ぶあるパスを考えたときの、休憩する場所」ですか？

後者(リスが選ぶあるパスを考えたときの、休憩する場所)です．

「しかし、あまり時間が空きすぎてはよくないと考えた彼は、 K日以上時間を空けない、つまり連続するK日に1回は好意をほのめかすことにした。」
というのは、好意をほのめかすのに間隔が空きすぎてはならないだけではなく、N日の期間中に連続するK日が好意をほのめかしていない日になってはならないということですか？N+1日後に好意をほのめかす前提がありますか？

N日間の期間のうちすべての連続するK日間について最低1回は好意をほのめかすようスケジュールを組んでください。

非常に多くの質問を頂いております。問題文が曖昧で申し訳ございません。
リスは休憩回数が最少となるようなルートを必ず通ります。その際に休憩する箇所とゴールの木に木の実をK個ずつ起きます。

休憩回数が最少となるようなルートが複数ある場合、いずれのルートを使用しても、休憩する木の本数は等しいことが証明できます。

"リスが休憩するであろう場所"というのは、"リスが必ず休憩する場所"という意味ですか？それとも、"リスが休憩する可能性がある場所"という意味ですか？

休憩回数が最小となるルートを特定の1つだけ想定し，そのルート上で休憩する場所のことを言います．

枝を使って 木 Ai から木 Bi に渡れます。とありますが、Bi から Ai には渡れない（有向である）という認識で大丈夫ですか

いいえ，グラフは無向です．申し訳ございません．

i ≠ j について (Ai, Bi) ≠ (Aj, Bj) とありますが、サンプルがそれを満たしていないように見えます

制約文を修正しました．「i ≠ j について (Ai, Bi, Ci) ≠ (Aj, Bj, Cj)」の誤りです

ジャッジがIEを吐いています。

ジャッジを修正しました．ご迷惑をおかけしました．

テストケースにトラブルがあったので、リジャッジを行いました。ご迷惑をおかけして申し訳ありませんでした。

B>=1とありますが例2はこれに反していませんか？

制約をB >= 0に修正しました。ご迷惑をおかけしました。

最後の改行を忘れないでください．

最後の改行を忘れないでください．

木にたどり着けないのはいろはちゃんではなくリスではないですか？

はい

いろはちゃんコンテスト Day1 の競技時間は 13:00～18:00 の 5 時間です。ペナルティは 5 分です。(Pro_ktmr)