「ロボットが一度でも通るマスの数を C とすると、」の C には，(1)ロボットの初期位置、(2)一度も動いていないロボットの初期位置は含まれますか。

はい、含まれます。

「ロボットが一度でも通るマスの数を C とすると、」の C には，ゴールマスは含まれますか。（ゴールしたロボットが存在した場合）

はい、含まれます。

500ターン以上かかる場合について、実行が打ち切られますか?(501ターン以上かけてゴールするロボットについての得点が計上されていません)

ビジュアライザの問題と思われます。
ジャッジでは正常に計算され、途中で打ち切られることはありません。

どのように方向案内を設置しても有限回の動作でゴールマスに到達でないロボットが存在することもあり得ますか？

はい、あり得ます。

提出結果の判定にて、100000点が最大になっており、点数式を見る限り100000点を超える可能性がありそうですが、これは丸め込まれますか？

いいえ。満点を超える可能性があります。

ゴールマスやブロックマスに方向案内を設置しても不正解とはならない
とありますが、各ロボットの初期位置に方向案内を設置した場合は、不正解になりますか？

いいえ、不正解にはなりません。

ビジュアライザについて、座標が問題文とは異なり(x座標,y座標)という順番で出力されるという認識で正しいですか?

はい。マウスオーバー時の座標は(x,y)系で表示されます。
入出力に関しては問題同様です。