ビジュアライザで出力ファイルを指定したとき、 error と表示される場合は出力フォーマットが間違っているということですか？

はい、出力内容を精査して、エラーの場合は弾いています。

サンプルのロボットの位置の5,6が逆ではないですか？

逆でした。修正します。

途中で通過したマスの効果は無視されますとありますが，2倍マスや 3倍マスの硬貨を用いて壁を超えることは可能でしょうか？

いいえ、壁を越えることはできません。