ビジュアライザのscoreにはボーナスは含まれますか

含まれます。なお、完全一致時のみボーナスは適用されます。

申し訳ありません、加点されるボーナスの点数に誤りがございましたので修正いたしました。

山型足し算 (X, Y, H) では、P_{X, Y} に H が加算されますが、これはマス (Y, X) の値に H が加算されるということでしょうか？
そうだとすると、サンプルの図と食い違うように思えます。

P_{y,x}の間違いでした。P_{y,x}に修正しました。

下に i (0≦i≦N−1) マス、右に j (0≦j≦N−1) マス進んだマスの位置は (i,j) で表されます

とありますが，問題文中に図で示されている図は誤っていませんか？

(j,i)でした。修正します。

example_01 も問題文中に指定された方法で作成されたことは保証されていますか？

はい、保証されています。

「本選進出者（辞退者含む）を除き、有効な回答を提出された方の中から」の有効な回答とは何ですか？

ジャッジ結果がACとなったものを指します。

抽選ロジックのプログラム(lottery.py)内のinputKey()内で
		a = int(keys[0])
		b = int(keys[0])
		c = int(keys[0])
		d = int(keys[0])
とありますが、これは
		a = int(keys[0])
		b = int(keys[1])
		c = int(keys[2])
		d = int(keys[3])
の間違いではありませんか?

ご指摘ありがとうございます。
記載頂いた通り、誤りがございました。

修正したものに差し替えておりますので、ご確認下さい。