まとめ表の「収穫」に「更地」が入っていますが、更地も収穫対象になりますか？

更地は収穫対象になりません。修正しました。

> それぞれのワープゲートまでの移動距離が０として計算されます。（どちらのワープゲートも有効になります）
これは，それぞれのマスまでの距離は，独立に，近い方のワープゲートからの距離となりますか？

はい。独立に、近い方のワープゲートからの距離になります。
（収穫・更地化は、1マスごとにワープゲートから往復している、というイメージを持つと分かりやすいと思います。）

ビジュアライザに与えるinputファイルの改行コードはCR+LFである必要がありますか？

はい、CR+LFを改行コードとして想定しています。

growup の引数は負の整数でもよいですか？
その場合、何が起きますか？

負の整数は許されておらず、WAとなります。

収穫と更地の、「左上から順に」とは、
123
456
789
の順番ですか?それとも
147
258
369
ですか?

123
456
789
の順です。

roadを作るときに、x1<=x2,y1<=y2 となる必要はありますか?

はい。必要があります。

> 入力は、各マスに対し、15 が岩、残りは更地になるようにランダムで生成される。
とはどういう意味ですか？

パーセントが非表示になっていたようなので、修正しました。

労働力をアップしても，次のターンに回復するなら意味が無いのではないですか？
それとも労働力の最大値がアップしたりしますか？

労働力の最大値がアップします。

ワープゲートが複数ある場合の最短距離の計算はどうなりますか？
それともワープゲートを作ったら古いワープゲートはなくなりますか？

それぞれのワープゲートまでの移動距離が０として計算されます。（どちらのワープゲートも有効になります）