各コマンドの座標指定のX,Yはそれぞれ [1,50] の範囲に収める必要がありますか？
(visualizer では範囲外でも許可されているようです)

範囲内に収める必要があります。

ワープゲート作成の際にお金が不足している場合はどうなりますか? 単に無視されますか?

単に無視されます。

ワープゲート作成について、本文中では「指定したマスが更地、畑以外の場合は無視され」、行動まとめの表では「適用されるマス: 更地・畑・道路」と、道路の説明が異なるように見えますが、どちらが正しいですか？

道路にも作成することが可能です。問題文を修正します。
（ビジュアライザも修正を行いました。）

収穫、更地化の左上から順番にとはどういう順でしょうか。
例えば、x1,y1,x2,y2が1 , 1, 10 10の場合、
x,yが（1,1),(2,1),(3,1)という順なのでしょうか。
それとも(1,1),(1,2),(1,3)という順でしょうか。
それとも上記どちらでもないでしょうか。

問題文下部の「区間の指定について」をご確認ください。(1,1) (2,1) (3,1)（ｘ座標が先に増えていく）が正しいです。