marathon matchのように、最後に別のシステムテストが走るとかないですよね？

ないです！

複数の解答を提出した場合の成績の付け方はどうなりますか？(最高点、最後に出したやつなど)

最高点が順位表に反映されます。

念のためお聞きしますが、マスの境界は上下、左右でつながっていますか？
[1, 10] -> [30, 10]や[10, 30]->[10, 1]が1手かどうか

つながっていません！

最短手でない場合は0点ですか。

おそらくそれだと全員が0点になります・・・！最短手である必要は全くありません。

出力例1は本当にゲームの終了までの手順となっていますか

こっそりなおしました。

ステップ3で同じ数の隣接マスが複数あった場合、選べるのはその中の1つだけですか

はい、1つだけです。

ペナルティはありますか

5分と書きましたがごめんなさい0分でした！

0が書かれたマスをステップ1で選ぶことはできますか

選んでも良いですが、ゲームが終了しなくなるため、WAが得られます。