サンプル1において，2日目以降は全ての木の色が変わらなくなるので，今（1日目）から1日後の2日目に色が変わらなくなるので，答えは1ではないのですか？

申し訳ございません。当方のミスです。
答えるのは「何日後」ではなく「何日目」です。
出力の説明の部分の
「すべての木の色が変わらなくなるまでの日数を 1 行で出力せよ。」は誤りで
「すべての木の色が変わらなくる日が何日目かを 1 行で出力せよ。」が正しい文です。