任意の整数倍に負の数や0は含まれますか

含まれません。正の整数倍のみとなります。
追記：訂正しました

node 6.11でデバッグしているのですが、正常に動作しています。
しかしjsのソースコードを提出するとREが返ってきます。

考えられる原因は何でしょうか。

ソースコードは回答を含んでいる可能性があるためとりあえず掲示しません。

現在、javascriptの解答に対するジャッジが正しく行われないトラブルが発生しています。ご迷惑をおかけしてしまい申し訳ありません。
追記：JavaScriptによる回答のリジャッジを行いました。確認をよろしくお願いします。

空白が盤外にはみ出すケースはありますか？

ありません。

整数倍に拡大して回転させた文字は含まれますか

含まれます。

入力例 2の最後の行は25とあるのですが、図は225となっています。どちらが正しいのでしょうか？

図が間違っております。正しくは25です。

W(1≦N≦2,000) は W(1≦W≦2,000) の間違いですか？

間違いです。また、上限サイズ2000となっておりますが、1000が正しいです。
1≦H,W≦1000となります。

i,jの範囲がおかしいです

正しくは0≦i,j≦5です。修正しました。