ビジュアライザ vis が、標準出力ではなく標準エラー出力に、スコアを出力しているようです。

ツールのREADMEが誤っていました。vis は標準出力ではなく標準エラー出力にスコアを出力します。
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There is a correction in the "Visualization" section of the README for local tester.
Original (Incorrect): "It also outputs the score to standard output." 
Correct: "It also outputs the score to standard error output." 

業務転換カードなどで複数のプロジェクトが消えた場合、プロジェクトは添字が小さい方から順に新しく補充されますか。

はい。
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When multiple projects disappear, the projects will be refilled in order starting from the one with the smallest index.