For each row, perform the following operation: if there are two or more cookies remaining in the row and they all have the same color, mark them.

Does this mean that every cookie in the row has to be the same color?

For example if you had a row with: aabb, would you mark the whole row or none of the row?

None of the row.  / 「その行に 2 枚以上のクッキーが残っており、それらの色がすべて同じならば、それらに印をつける。 」とは、行に含まれるクッキーが1色であるとき印をつけることを意味します。例えば行に含まれるクッキーが aabb のとき、どのクッキーにも印はつけられません