問題文の通りに、\(j\) 番目の部署について \(\sum_{k=1}^{K_j}(P_{C_{j,k}}-Q_{C_{j,k}})\) を求めればよいです。

実装の際は各部署ごとに長さ \(K_j\) の配列を作る必要はありません。例えば、単純に \(K_j\) 個の入力を受け取ってそのたびに受け取った \(c\) について \(P_c-Q_c\) を \(j\) 番目の部署の答えに加算すればよいです。

実装例(C++)

#include <bits/stdc++.h>
using namespace std;
int main() {
    int n, m;
    cin >> n >> m;
    vector<int> p(n), q(n);
    for (auto& e : p) cin >> e;
    for (auto& e : q) cin >> e;
    for (int i = 0; i < m; ++i) {
        int k;
        cin >> k;
        long long ans = 0;
        for (int j = 0; j < k; ++j) {
            int c;
            cin >> c;
            c--;
            ans += p[c] - q[c];
        }
        cout << ans << endl;
    }
}